В тази статия ще разгледаме най-добрия безплатен софтуер за молекулярно моделиране за компютър с ^{(Molecular Modeling software)}Windows 10 . Използвайки тези безплатни програми, можете да създавате модели на различни прости до сложни химически съединения. Тази колекция от софтуер е полезна за студентите по биоинформатика, химическо инженерство и др. Можете да добавяте различни елементи от периодичната таблица^{(Periodic Table)} , за да образувате химично съединение. Освен това в този софтуер можете също да видите химическо съединение в различни стилове, като телена рамка, топка и пръчка, тръби, топка и цилиндър^{(wireframe, ball and stick, pipes, ball and cylinder)} и др.

Софтуер за молекулярно моделиране^(Modeling) за Windows 10

Някои от тези софтуери включват също различни химически групи и структури за ваше удобство. Просто^(Simply) ги изберете и вашият химически модел е готов. Примерите за химични групи включват  алкохоли, бензен, алдехиди, аминокиселини^{(alcohols, benzene, aldehydes, amino acids)} и др. Освен това можете да правите и химически изчисления като  енергия, дължина на връзката^{(energy, bond length)} и т.н.

1. Авогадро
2. MoluCAD
3. ArgusLab
4. Аскалаф дизайнер

Нека да ги разгледаме.

1] Авогадро

 Avogadro  е отличен безплатен софтуер за молекулярно моделиране, който се предлага с много функции. Неговият удобен за потребителя интерфейс го прави лесен за разбиране за потребителите. При стартиране на софтуера ще видите черен екран и панел от лявата страна. Можете да получите достъп до някои често използвани елементи от „ падащото меню^{(drop-down menu)} “ в левия панел. Ако искате да получите достъп до всички елементи, просто щракнете върху „ други^(other) “ в падащото меню и софтуерът ще стартира периодичната таблица^{(Periodic Table)} . Елементът, който изберете от периодичната таблица^{(Periodic Table)} , ще бъде наличен в падащия списък.

Стъпки за рисуване на химично съединение:

1. Изберете^(Select) елемент от падащото меню в левия панел и щракнете върху черния екран, за да го добавите.
2. Сега изберете друг елемент от падащото меню.
3. Натиснете и задръжте левия бутон на мишката и го плъзнете до първия елемент, за да го свържете с химическа връзка. Можете също да изберете вида на химическата връзка, единична, двойна или тройна.

В лентата с инструменти на софтуера има различни бутони:

• Инструмент за^{(Draw tool)} рисуване: Позволява ви да рисувате различни молекулни съединения.
• Инструмент за навигация^{(Navigation tool)} : Използвайки го, можете да местите, завъртате, увеличавате и намалявате молекулярния модел.
• Инструмент за манипулиране, ориентиран към^{(Bond centric manipulation tool)} връзката: Изберете този инструмент и щракнете върху някоя от връзките, за да видите ъгъла.
• Инструмент за автоматично завъртане^{(Auto rotation tool)} : Изберете този инструмент и щракнете върху бутона „ Старт^(Start) “. Сега натиснете и задръжте левия щракване на мишката и го плъзнете във всяка посока. Пуснете левия бутон и молекулярният модел ще започне да се върти автоматично.

Ако искате да преоразмерите дължината на връзката на съединенията автоматично, отидете на „ Extensions > Optimize Geometry “ или натиснете „ Ctrl+Alt+O “. За да изчислите енергията, отидете на „ Extensions > Molecular Mechanics > Calculate Energy .

Запазване на файла^{(Saving the File)} : Можете да запишете вашия проект в множество формати, включително  PDB, ENT, CHM, ALC, CDXML, CDX, C3D2, C3D1, SD, SDF, DMOL, CHT, GAM . Освен това е налична и опция за експортиране, с помощта на която можете да запишете вашия проект в  PDF, SVG, BMP, JPG, PNG и др.

2] MoluCAD

MoluCAD  е друга безплатна програма за молекулярно моделиране в този списък. Подобно на Avogadro , той също идва с много функции. В този софтуер можете да разглеждате 2D и 3D изгледи в съседство. Някои често използвани елементи са налични в левия панел на софтуера. За да го добавите към основното пространство, просто щракнете върху някой от елементите. Ако елементът, който искате да добавите, не е наличен там, можете да го изберете от Периодичната таблица^{(Periodic Table)} . За да видите периодичната таблица^{(Periodic Table)} , щракнете с десния бутон върху черното пространство и щракнете върху бутона „ Добавяне на атом^{(Add Atom)} “.

Стъпки за рисуване на химично съединение:

1. Щракнете^(Click) върху някой от елементите в левия панел, за да го добавите.
2. Щракнете^(Click) върху друг елемент, за да го добавите, или можете да го изберете от периодичната таблица^{(Periodic Table)} .
3. За да свържете елементите, отидете на „ Add > Bonds – Connect Atoms “ и изберете типа химическа връзка. Сега кликнете върху първия атом и след това щракнете върху втория.

Освен елементи, можете да добавите и съединения. В десния панел ще намерите различни  молекули, аминокиселини, функционални групи, самотни двойки атоми^{(molecules, amino acids, functional groups, lone pair atoms)} и т.н. Изберете произволна структура и я плъзнете и пуснете в основното пространство. Можете да изчислите енергията на молекулите, като щракнете върху „ Energy > Evaluate Energy “.

С помощта на менюто “ Query ” можете да изчислите  разстоянието между два атома, дължината на връзката, ъгъла на свързване, ъгъла на усукване, центъра на масата^{(distance between two atoms, bond length, bond angle, torsion angle, the centre of mass)} и т.н. Можете да видите 3D структурата в четири различни изгледа,  отгоре, отпред, отстрани и наклонена^{(top, front, side, and oblique)} . Отидете на „ View > Graphics Mode “, за да видите модела в различни форми, като  топка и пръчка, запълване на пространство, тръби^{(ball & stick, space fill, pipes)} и др.

Записване на файла^{(Saving the file)} : Можете да запишете проекта във формат MCD . Ако използвате опцията „ Експортиране^(Export) “ в менюто „ Файл^(File) “, можете да запишете проекта си във  формати JPEG  и  Windows BITMAP  .

3] ArgusLab

ArgusLab  е друг удобен за употреба софтуер за молекулярно моделиране, който се предлага с лесни за разбиране функции. С помощта на този софтуер можете да създадете структурата на различни химични съединения. В левия панел на софтуера са налични три раздела:

• Атоми^(Atoms) : Този раздел съдържа различни елементи от периодичната таблица^{(Periodic Table)} . При щракване върху всеки атом, софтуерът показва неговата геометрия. Щракнете^(Click) върху бутона “ Периодична таблица^{(Periodic Table)} ”, за да стартирате периодичната таблица^{(Periodic Table)} .
• Пръстени^(Rings) : Тук ще получите различни видове химически пръстенни структури.
• Аминокиселини^{(Amino Acids)} : Този раздел показва различни видове аминокиселини. В този раздел е достъпен и „ Полипептид Builder “.^{(Polypeptide Builder)}

Стъпки за рисуване на химично съединение:

1. Щракнете върху раздела „ Atom ” в левия панел, за да добавите елемент.
2. Изберете^(Select) някой от наличните елементи. Ако желаният от вас елемент не е там, можете да изберете същия от „ Периодичната таблица^{(Periodic Table)} “.
3. Използвайте^(Use) щракване с десния бутон, за да поставите елемента на предвиденото място.
4. Изберете^(Select) друг елемент. Сега изберете последния елемент, като щракнете с левия бутон и поставете другия елемент, като използвате десния бутон. Това ще съедини двата елемента и ще образува съединение.
5. За да добавите пръстени и аминокиселини в пространството, следвайте същите стъпки.

4] Ascalaph Designer

Ascalaph Designer  е още една добра безплатна програма за молекулярно моделиране. Най-добрата част от софтуера е, че не е необходимо да го инсталирате на вашия компютър. Той идва с изпълним файл. Софтуерът ще бъде изтеглен в zip формат. След като го извлечете, ще намерите изпълнимия файл в папката “ bin ”.

Стъпки за рисуване на химично съединение:

1. Натиснете “ Ctrl+N ”, за да започнете нов проект.
2. За да добавите елементи, трябва да отворите периодичната таблица^{(Periodic Table)} . За това отидете на „ Build > Free Drawing .“
3. Изберете^(Select) някой от елементите и ги поставете в пространството, като натиснете клавишите „ Ctrl+Shift “.
4. Поставете друг елемент, като използвате горната стъпка и го плъзнете до последния елемент, за да ги свържете с химическа връзка.

Можете да видите всяко съединение в различни форми като  топка и пръчка, телена рамка, CPK^{(ball and stick, wireframe, CPK)} и т.н., като щракнете върху бутоните в десния панел. Когато изберете който и да е елемент от периодичната таблица^{(Periodic Table)} , той ви показва допълнителна информация като  име на елемент, хибридизация, ковалентни и Ван Дер Ваалсови сили на привличане^{(element name, hybridization, covalent, and Van Der Waals forces of attraction)} . Щракнете върху менюто  „ Анализ “, за да извършите различни изчисления, включително ^(Analyze)енергия, температура, налягане, диполен момент^{(energy, temperature, pressure, dipole moment)} и др.

Запазване на файла^{(Saving the file)} : Можете да запишете вашия проект само в неговите собствени формати, включително  mim, hin, xmol ,  mmol, smol и ^{(mmol, smol, )} т.н. Това е недостатъкът на тази безплатна програма.

Надяваме се, че сте намерили тази публикация полезна за вашите училищни и колежски проекти.

Best free Molecular Modeling software for Windows 10

In this article, we will сover the best free Molecular Modeling software for Windows 10 PC. Using these freeware, you can create models of various simple to complex chemical compounds. This software collection is helpful for the students of bioinformatics, chemical engineering, etc. You can add different elements from the Periodic Table to form a chemical compound. Moreover, in these software, you can also view a chemical compound in different styles, like wireframe, ball and stick, pipes, ball and cylinder, and more.

Molecular Modeling software for Windows 10

Some of these software also include different chemical groups and structures for your convenience. Simply select them, and your chemical model is ready. Examples of chemical groups include alcohols, benzene, aldehydes, amino acids, etc. Apart from that, you can also do chemical calculations like energy, bond length, etc.

1. Avogadro
2. MoluCAD
3. ArgusLab
4. Ascalaph Designer

Let us take a look at them.

1] Avogadro

 Avogadro is an excellent molecular modeling freeware that comes with plenty of features. Its user-friendly interface makes it easy to understand for the users. On launching the software, you will see a black screen and a panel on the left side. You can access some commonly used elements from the “drop-down menu” on the left panel. If you want to access all the elements, simply click on “other” in the drop-down menu, and the software will launch the Periodic Table. The element which you select from the Periodic Table will be available in the drop-down list.

Steps to draw a chemical compound:

1. Select an element from the drop-down menu on the left panel and click on the black screen to add it.
2. Now, select another element from the drop-down menu.
3. Press and hold the left click of the mouse and drag it to the first element to connect it with a chemical bond. You can also select the type of chemical bond, single, double, or triple.

There are different buttons on the toolbar of the software:

• Draw tool: It lets you draw different molecular compounds.
• Navigation tool: Using it, you can move, rotate, zoom in and zoom out the molecular model.
• Bond centric manipulation tool: Select this tool and click on any of the bonds to view the angle.
• Auto rotation tool: Select this tool and click on the “Start” button. Now, press and hold the left click of the mouse and drag it in any direction. Release the left click, and the molecular model will start rotating automatically.

If you want to resize the bond length of compounds automatically, go to “Extensions > Optimize Geometry” or press “Ctrl+Alt+O.” To calculate the energy, go to “Extensions > Molecular Mechanics > Calculate Energy.”

Saving the File: You can save your project in multiple formats, including PDB, ENT, CHM, ALC, CDXML, CDX, C3D2, C3D1, SD, SDF, DMOL, CHT, GAM. Apart from this, an export option is also available, using which you can save your project in PDF, SVG, BMP, JPG, PNG, etc.

2] MoluCAD

MoluCAD is another free molecular modeling freeware in this list. Like Avogadro, it also comes with a lot of features. In this software, you can view both 2D and 3D views adjacently. Some commonly used elements are available on the left panel of the software. To add it to the main space, simply click on any of the elements. If the element you want to add is not available there, you can select it from the Periodic Table. To view the Periodic Table, right-click on the black space and click on the “Add Atom” button.

Steps to draw a chemical compound:

1. Click on any of the elements on the left panel to add it.
2. Click on another element to add it, or you can select it from the Periodic Table.
3. To connect the elements, go to “Add > Bonds – Connect Atoms” and select the type of chemical bond. Now click on the first atom and then click on the second one.

Apart from elements, you can also add compounds. On the right panel, you will find different molecules, amino acids, functional groups, lone pair atoms, etc. Select any structure and drag and drop it to the main space. You can calculate the energy of the molecules by clicking on “Energy > Evaluate Energy.”

Using the “Query” menu, you can calculate the distance between two atoms, bond length, bond angle, torsion angle, the centre of mass, etc. You can view the 3D structure in four different views, top, front, side, and oblique. Go to “View > Graphics Mode” to view the model in different forms, like ball & stick, space fill, pipes, and more.

Saving the file: You can save the project in MCD format. If you use the “Export” option in the “File” menu, you can save your project in JPEG and Windows BITMAP formats.

3] ArgusLab

ArgusLab is another user-friendly molecular modeling software that comes with easy to understand features. Using this software, you can create the structure of different chemical compounds. On the left panel of the software, three tabs are available:

• Atoms: This tab contains different elements of the Periodic Table. On clicking each atom, the software displays its geometry. Click on the “Periodic Table” button to launch the Periodic Table.
• Rings: Here, you will get different types of chemical ring structures.
• Amino Acids: This tab shows different types of amino acids. In this tab, “Polypeptide Builder” is also available.

Steps to draw chemical compound:

1. Click on the “Atom” tab on the left panel to add an element.
2. Select any of the available elements. If your desired element is not there, you can select the same from the “Periodic Table.”
3. Use right-click to place the element on the space provided.
4. Select another element. Now, select the last element using the left-click and place the other element by using the right-click. This will join the two elements and form a compound.
5. To add rings and amino acids in the space, follow the same steps.

4] Ascalaph Designer

Ascalaph Designer is one more good molecular modeling freeware. The best part of the software is that you need not install it on your PC. It comes with an executable file. The software will be downloaded in zip format. After extracting it, you will find the executable file in the “bin” folder.

Steps to draw a chemical compound:

1. Press “Ctrl+N” to start a new project.
2. To add elements, you have to open the Periodic Table. For this, go to “Build > Free Drawing.”
3. Select any of the elements and place them in the space by pressing the “Ctrl+Shift” keys.
4. Place another element using the above step and drag it to the last element to connect them with a chemical bond.

You can view every compound in different forms like ball and stick, wireframe, CPK, etc., by clicking on the buttons on the right panel. When you select any element from the Periodic Table, it shows you additional information like element name, hybridization, covalent, and Van Der Waals forces of attraction. Click on the “Analyze” menu to perform different calculations, including energy, temperature, pressure, dipole moment, etc.

Saving the file: You can save your project only in its own formats, including mim, hin, xmol, mmol, smol, etc. This is the demerit of this freeware.

We hope you found this post useful for your school and college projects.

Related posts

• Най-добрият безплатен софтуер за баркод скенер за Windows 10

• Най-добрият безплатен софтуер за симулация на верига за Windows 10

• Най-добрият безплатен софтуер за отдалечен работен плот за Windows 10

• Най-добрият безплатен софтуер за картографиране на дрон за Windows 10

• Най-добрите приложения за IP камера за компютър с Windows 10 и телефон с Android

• Най-добрият безплатен софтуер за FTP клиент за компютър с Windows 10

• Най-добрият безплатен софтуер за болнично управление за Windows 10

• Най-добрият безплатен софтуер за рисуване за Windows 10, за да разкриете художника във вас

• Гледайте цифрова телевизия и слушайте радио на Windows 10 с ProgDVB

• Най-добрите безплатни приложения за писане на поезия и цитати за Windows 10

• Tomboy, проста, но богата на функции алтернатива на Notepad за Windows 10

• Най-добрият безплатен алтернативен софтуер Connectify за споделяне на интернет в Windows 10

• Инструментът Long Path Fixer ще коригира грешки в Path Too Long в Windows 10

• Geek Uninstaller – преносим деинсталатор всичко в едно за Windows 10

• Най-добрият безплатен софтуер за проектиране на печатни платки за Windows 10

• Най-добрите безплатни инструменти за конвертиране на ePub в PDF за компютър с Windows 10

• Най-добрият софтуер за разпознаване на говор за Windows 10

• Най-добрият софтуер за криптиране на файлове и папки за Windows 10

• Най-добрият безплатен софтуер за DBF File Viewer за Windows 10

• Най-добрият безплатен софтуер за отдалечен работен плот за Windows 10